文章發表

  • 作者:
    賴昆祺、許秀雯、李香瑩、邵廣昭
    發表年代:
    2012
    發表研討會:
    2012年動物行為、生態與全球變遷研討會
    摘要:
    對生物多樣性資料而言,除採集記錄與物種等資訊詳細記錄外,更是跨時空的整合性研究,而在資料庫的整合方案中,常見的方式為透過物種的學名與地理空間兩個關鍵欄位於異質的資料庫中達到資料整合的初步構想,而其中「學名資料」常受到研究時間變化而不斷的增修,若無良好的自動修訂過程,將影響其資料使用之正確性及有效地整合其他資料庫。本研究將以GBIF所出版的資料品質驗證的實務手冊為基礎,配合本研究蒐羅台灣物種名錄與Species 2000名錄資料庫之學名資料做為比對校正之參考依據,並開發相關工具,期望可以較自動的修正物種出現記錄資料庫中潛在錯誤,如學名資料錯誤分類、格式不一致及拼字錯誤等問題,以提升學名之正確性。
    實驗的對象為生物資源資料庫資料為對象,該資料目前有18,913筆不重複的物種調查學名資料(包含正確有效名、同物異名、無鑑定到種級資料),扣除只有科名與無法鑑定到種的資料(共2,495筆)後再進行資料清理的作業後,得到13,085筆正確的有效學名,1,020筆已被判定為無效名,534筆為拼字上錯誤。另有1,248個學名是目前台灣物種名錄上完全對應不到資訊,本研究所進行的資料清理後之學名資料亦可提供更多跨單位物種調查資料之串聯,同時也可提升搜尋正確性。
    關鍵字:
    資料清理、學名、物種資料
  • 作者:
    賴昆祺、鄭又華、陳岳智、李佑陞、邵廣昭
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    生物多樣性 Biodiversity Science
    摘要:
    物種出現紀錄包含博物館動物標本、植物標本、生態調查與物種觀察等資料,在TaiBIF物種出現紀錄整合平臺中,已整合臺灣26個資料集與超過150萬筆物種出現紀錄,且約有85%以上的資料具有地理資訊。為解決大量物種出現紀錄於Google Maps上呈現效能與視覺化不佳之問題,本研究提供三種資料聚類分析演算法方案,一為網格式分析方法,將物種出現紀錄點位元轉換成不同空間網格色塊,以色塊的深淺呈現物種數量;二為利用K-means演算法結合Convex hull演算法繪製出物種最小凸多邊形範圍以提供較為精確的分佈;三為利用DBSCAN演算法,藉由密度的分群概念繪製物種分佈範圍圖。
    此外,並採用Point in polygon演算法找出符合在多邊形內之物種出現紀錄,以克服利用Google Maps左上與右下座標進行方正矩形檢索之缺點。透過本研究可快速且有效地利用Google Maps呈現物種分佈資料,進而説明研究者挖掘出大量資料所隱含的知識,同時研究成果亦可提供生態保育之重要參考。
    關鍵字:
    物種出現紀錄, 聚類分析, 生物多樣性訊息學
  • 作者:
    Chau-Chin Lin, Kwang-Tsao Shao, Kun-Chi Lai, Sheng-Shan Lu, Yu-Huang Wang
    發表年代:
    2012
    發表研討會:
    2012 ICEO-SI
    摘要:
    The notion that the diversity of species makes ecosystems more resilient to change has become the leading research of the diversity-stability relationship in ecology.
    As ecologists begin studying what are called biodiversity patterns, they need those data from observation of presences and absences of species across space and time, combined with all other ecological data regarding climate, soil, geology, and geographic information. However, scientists need a system that is able to provide data management, archiving, curation, discovery, retrieval, integration, and synthesis functions to help them easy use data from distributed resources. In order to fulfil these purposes, we proposed an information management framework for biodiversity observations which facilitates all biodiversity observation systems to connect as a network. The goals of Taiwan Biodiversity Observation Network are 1) to create a data legacy for current and future uses and 2) to provide policy makers with science-based and integrative biodiversity information. Metadata is one of the keys to achieve the goals. The proposed framework of information management is based on these goals to gather and share biodiversity data....
  • 作者:
    賴昆祺,鄭又華,陳岳智,李祐陞,邵廣昭
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    2011數位典藏地理資訊學術研討會論文選集
    摘要:
    物種出現紀錄包含博物館動物標本、植物標本、生態調查與物種觀察等資料,在TaiBIF物種出現紀錄整合平台中,已整合台灣超過26個資料集與150萬筆物種出現紀錄,且約85%以上的資料具有地理資訊,大量的空間資訊隨之衍生出許多熱門探討之議題,而空間知識探索(Geospatial Knowledge Discovery)亦常被使用於大量空間的研究中,常用的方法之一為空間資料聚類分析,透過聚類分析可以更清楚地發現空間資料之特性。
    因此本研究將採用空間聚類分析方案,利用DBSCAN演算法作為主要聚類分析技術,並提供使用者自行決定兩個變數,分別為鄰近區域的半徑(Eps)及至少存在於該鄰近區域的點數(MinPts),分析後的群聚結果再搭配電腦圖學的演算法(Convex hull與Polygon clipping兩種演算法)於Google Maps上繪製出物種出現記錄的多邊形,以此方法解決大量物種出現紀錄於Google Maps上呈現效能與視覺化之問題,透過本研究可快速且有效地利用Google Maps呈現物種分布資料,進而幫助研究者挖掘出大量資料所隱含的知識。
    關鍵字:
    DBSCAN演算法、物種出現紀錄、Google Maps
  • 作者:
    許正欣,李香瑩,麥舘碩,賴昆祺,邵廣昭*
    發表年代:
    2012
    發表研討會:
    2012年動物行為、生態與全球變遷研討會
    摘要:
    在著名生物學家E. O. Wilson倡導下,國際上2007年開始推動全球生命大百科(Encyclopedia of Life, EOL)計畫,目標是集全球科學家的共同努力,將地球上已知的190萬種生物的各類資訊能整合在一個網站上。本研究團隊於2009便開始與EOL資訊團隊聯繫並交流資訊技術,並於2011年開始進行台灣生命大百科的建置工作,我們希望在三年完成台灣兩萬種物種內容的資訊頁面,並且讓使用者透過物種頁面連結到各種相關的生物多樣性資訊網站,促使臺灣的生物多樣性資訊能更有效的提供生物多樣性研究、保育、教育及經營管理之用。
    我們採用自由軟體與公開的資料分享架構來建立一個以物種資訊為核心的生物多樣性資訊平台,初步我們將整合臺灣現有的物種名錄、生物標本、生命條碼和物種分布等生物多樣性資訊,讓這些分散的資訊都能透過生命大百科資訊平台被檢索利用到。同時針對臺灣已紀錄的五萬多種物種,我們將邀集分類學家與民間的自然觀察愛好者社群參與物種內容的建立,以彌補目前最缺乏的本土物種中文資料,如能將這些本土物種之圖文內容及科普資料整合並公開供民眾使用,對於增進社會大眾對於台灣生物多樣性的認識與教育將是最直接有效的方法。也希望藉此貢獻臺灣生物多樣性資訊至EOL的國際平台上。
    關鍵字:
    生物多樣性資訊、生命大百科、社群參與

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