文章發表

  • 作者:
    鄭美如、王豫煌、許正欣
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    林業研究專訊
    摘要:
    Drupal是甚麼?您心底一定打個大問號!現在就讓我們慢慢告訴您,在解答您的疑問之外,並帶給您更多有關Drupal這個全世界相當流行的「內容管理系統」在生態上的應用現況。那甚麼是內容管理系統(Content Management System, CMS)?簡單的說,內容管理系統是一種網站系統建置工具,並且協助網站建置者或網站管理員以簡易的方法,輕鬆建置與管理心目中想要的網站架構與內容。
    目前內容管理系統有非常多種,很多屬於免費的開放原始碼(Open Source),本刊第74期所介紹的「快速架站尖兵-XOOPS」就是一種免費的內容管理系統,而Drupal又是另一種更進階,應用性更廣的開放原始碼的內容管理系統,近幾年在國際間快速擴展,就連美國白宮官網都是使用Drupal建置起來的!以下就Drupal予以更詳細之說明。如前所述,Drupal是一個內容管理系統,它是用PHP程式語言寫成,是在一個具有高擴展性核心(Core)上搭載各式模組(Module)的方式來建構一個網站系統。因為Drupal是開放原始碼,任何人都可以參與開發或使用,依據Drupal官方網站(http://drupal.org)顯示,目前開發社群中有將近1萬5千名成員,有76萬人在228個國家使用181種語言促使Drupal持續向前,由此便可見Drupal的普及性了。在臺灣,目前使用的社群相較於國際,雖然不算普遍,但也有Drupal Taiwan正體中文支援站(http://drupaltaiwan.org),該社群成員們除了義務將Drupal核心及模組中文化外,每年也舉辦「DrupalCamp」,進行技術的交流與分享。接下來談談Drupal的基本概念,包含了下面幾項:1. 核心(Core):Drupal的核心指的是基本框架,像是電腦主機,所有的基本功能都在這個框架中運行,並包含了一些基本功能模組,如系統管理、使用者管理及節點管理等。2. 模組(Module):模組可以比喻成電腦的應用程式或軟體,每種模組都有自己的功能,也有些模組是可以改善或強化其他模組功能。藉由下載來安裝所需要的模組,如網頁內容呈現、社群、資料庫管理、商業交易、多媒體等等,以建置符合使用者所需的網站系統。3. 版型(Theme):版型有如電腦的外殼,但卻不像電腦外殼一樣死板,版型控制著網站系統整體呈現的樣子,包含了網站的布局、字型、顏色及其他相關樣式。4. 節點(Node):節點所代表的是網站裡的內容,而每個節點可以歸屬於不同的內容類型,使用者可以針對需要,為每個內容類型賦予更豐富的欄位內容,讓網站看起來更豐富,更符合需求,且透過節點的欄位可以關聯至其他節點的欄位,讓網頁資料像網狀一樣連接起來。目前Drupal核心已發展到第7版,且有超過14,000個各式各樣的模組可以使用,另外,Drupal也提供將近1,000種的網站版型,讓網站看起來更多功多樣與活潑,所以我們也可以說Drupal不僅僅是內容管理系統,還是一個可以隨心所欲的架站工具。
  • 作者:
    林朝欽、陸聲山、王豫煌、麥舘碩
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    林業研究專訊
    摘要:
    生態學在上個世紀由個人主導小尺度、短期的觀察與實驗為主,但自上世紀末,已快速地發展成大尺度、長期性、跨多個領域,與使用複雜的分析方法、整合多樣資料集,以解答過往無法回答的複雜生態現象的學科。當生態學漸發展為上述的樣貌,這意味著生態學漸漸趨向密集性且多面向的資料方能達成研究目的的科學。因此,資料分享的需求愈發顯著,因為單憑個人或是小型團隊很難收集到這樣的資料。彙整與應用前人的資料,便是一種資料分享框架下顯而易見的優勢。以美國長期生態研究(US LTER)以及南非環境觀測網絡(SAEON)為例,透過這種彙整與應用前人資料的分享,他們發展了跨據點的草原生態系生產量研究。
    然而即便各領域的科學皆廣為強調資料分享,但在實務上仍未普及。其原因主要是:資料分享文化尚未普及與資訊技術上的藩籬。近年來資料分享文化已逐漸被研究者認同;另外國際間對於網路以及資訊科技的投資,使得複雜的資訊軟硬體設施得以建立,例如全球資訊網(World Wide Web,或譯萬維網,簡稱WWW或Web)這個名稱為世人所深知的網際網路應用上,產生了一場技術性革命─語意網(Semantic Web)概念的誕生與實現,隨著語意網技術的日趨成熟,它對協助生態資料被發現、取得以及使用也具有令人期待的潛力。資訊技術促使了研究者生產、管理以及使用生態資料的能力快速增進,在生態學中也興起了稱為「生態資訊學」(ecoinformatics)的專業子學門來協助資料的運用管理。這樣的改變與趨勢加速了資料分享新的思維與作法的產生,例如利用語意網概念中的鍵連資料(Linked Data)技術提供分享與再使用的方式即是一種新的作法。此作法並已在各個領域中日益蓬勃興盛,在生態上雖有與物種多樣性相關的資料集發布上網,但仍未有以鍵連資料技術發布的生態資料集。本文要介紹的是如何跳脫出現行以元數據(metadata)標準及關連式資料庫(relational database)管理生態資料的框架,應用鍵連資料技術進行不同資料集的整合與分享,此實例共使用了森林火災、植物標本、昆蟲採集、森林動態樣區調查以及臺灣的物種名錄等五個資料庫做為先驅資料集,並將這個新的框架命名為鍵連開放的生態資料(Linked Open Data of Ecology, LODE)。
  • 作者:
    林朝欽、陸聲山、麥舘碩
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    林業研究專訊
    摘要:
    印刷術是號稱對世界最有影響的中國三大發明之一,所謂印刷術是多種印刷方式的總稱,中國的印刷術約是在十字軍東征時才傳入西方世界。它對於西方的影響莫過於造成十四、十五世紀的文藝復興以及間接的影響了十六世紀以後的科學研究。印刷術與科學研究的聯結是因為研究資料可以透過印刷發表、流通與留存,但印刷術發明後歷經2~3千年的發展與演變才呈現出當今的面貌。1970年代個人電腦出現迄今,也像印刷術的出現一樣,所謂數位化的技術在過去幾十年裡已造成人類生活深遠的影響,尤其影響了科學研究。
    論及科學研究的發展,十九世紀時,科學研究以機械式宇宙作為基本的哲學觀,這個觀點讓科學家相信只要有一些數學公式,就能描述現實世界所有的物理現象,並且能預測未來會發生的事,這是所謂的經驗性科學研究典範。然而從許多研究的結果發現,實際觀測值與預測值一直難以得到一致假設前提。到了十九世紀末,經驗性科學研究典範被科學研究社群逐漸放棄,並開始建構新典範來從事研究,這個新典範以現實世界的統計模型作基礎進行理論推導與驗證。進入二十世紀以後,幾乎所有的科學研究都已轉成理論推導與驗證典範。二十世紀中葉後,個人電腦誕生,數位化技術與工具打破了以往科學研究發表、流通與留存模式,科學家可以突破紙本能容納資料量與倉儲的限制,數位化利基促成統計模型可以計算複雜性系統的新典範,稱之為計算為基礎的科學研究典範。此新典範雖然研究資料可以大量數位化,但所使用的軟體工具差異很大,系統間的互通困難。1980年代微軟的辦公室軟體(Office)上市後,很多研究以表格型態(spreadsheet)記錄原始資料,此種記錄方式易學與易操作,促成了某種程度的一致性,也解決了部份系統間的互通困難,但辦公室軟體的表格型態缺乏一個完整的資料結構與內容描述的管理機制,使得研究資料的發表、流通與留存仍難以趕上已數位化資料快速成長的速度。除此,硬體容納量需求日益增加已非個人電腦可以負擔,加上1990年代網際網路開始蓬勃發展的衝擊,計算為基礎的科學研究典範再次開始改變,所謂知識物件化(objectify knowledge)與資料密集計算(data-intensive computing)為基礎的資料探索新典範再次取代計算為基礎的科學研究典範,這個新典範被認為是科學研究的「第四典範」,也是當今以網際網路為主流的知識爆炸世紀的新主流。本文以生態研究為對象,探討當前資料探索典範的最新發展與案例。
  • 作者:
    邵廣昭、許正欣、李香瑩、許曉華、張弘毅、管立豪
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    林業研究專訊
    摘要:
    「生命大百科」(Encyclopedia of Life, EOL)是在2007年由E. O. Wilson所倡導的重大國際合作計畫。其目的在將地球上所有已知的生物以一物種一網頁的方式,將該物種所有重要的資訊蒐集整合在網頁上,免費公開供各界使用,以促進生物多樣性研究、教育、保育及永續利用的目的。EOL網站於2008正式公開迄今四年來,已完成100萬餘物種網頁之製作,125萬張圖片之收錄。
    成為繼全球物種名錄(Catalog of Life, COL)、生命條碼(Barcode of Life, BOL)、生命之樹(Tree of Life, TOL)之後,資訊最豐富、最龐雜,但也最實用及最受歡迎的生物多樣性資料庫。也因此成為整合全球生物多樣性資訊的機構GBIF (Global Biodiversity Information Facility)最重要的資訊來源之一。臺灣在國科會及農委會林務局的贊助下,分別於2001年加入GBIF,於2003年建立TaiBIF國家入口網站與GBIF接軌;2002年建置了臺灣物種名錄資料庫及TaiBNET網站,現正名為TaiCOL以便與COL搭配;2004年建置野生物冷凍遺傳物質典藏網站,2011年加入生命條碼資料後更名為TaiBOL,以便與BOL對應;2011年6月開始啟動「臺灣生命大百科計畫」(Taiwan Encyclopedia of Life, TaiEOL),積極尋求與EOL之合作,讓臺灣生物多樣性的各類資訊得以完整及全面地與國際合作及交換資訊,不但有助於臺灣在生物多樣性資訊學領域上的發展,且在國內跨機構、跨生物類群資料庫的內容蒐集及整合上得以與國際同步發展及無縫接軌。本文即在就EOL及TaiEOL之計畫作一簡要的介紹。
  • 作者:
    王豫煌、陳建文、柯智仁、鄭美如
    發表年代:
    2012
    發表期刊:
    林業研究通訊
    摘要:
    GBIF為促進生物多樣性資料的流通與交換,採用Darwin Core標準格式發佈資料,主要是針對生物分布(包含標本、野外觀察)及分類資料(物種名錄、分類群階層資訊)等基礎的生物多樣性資料,以172個欄位名稱(terms)制訂通用的資料交換格式。Darwin Core協助研究者以一致的資料格式紀錄生物分布和分類鑑定等生物多樣性資料;而關於此資料本身相關的完整元數據(metadata),例如,研究目的、方法、時間和空間範圍、資料提供者、研究人員等資訊,GBIF採用生態元數據語言(Ecological Metadata Language, EML)標準予以紀錄、描述。
    這兩類文件均以文字格式一同保存於一個ZIP壓縮檔案中,即為Darwin Core Archive (DwC-A),做為完整包裝資料集的媒介。DwC-A為GBIF目前主要推動的生物多樣性資料整合發佈平台所採用的資料格式。 IPT (Integrative Publishing Toolkit)是一套由GBIF發展的生物多樣性資料發佈平台。利用此系統可將調查研究所獲得的生物多樣性資料,採用DwC-A格式公開、發佈,並登錄於GBIF資料入口網,提供全球生物多樣性資訊共享的服務。IPT2 (IPT, version 2)是以Java程式語言開發,為此平台目前釋出的版本,可跨平台運作於安裝 Tomcat 的網頁伺服器上。負責維護IPT2資料發佈平台的單位,可透過網頁管理介面完成IPT2平台的相關設定、使用者帳號及單位組織的新增、刪除、GBIF註冊登錄、延伸模組安裝等管理工作(圖2)。授權的資料提供者,可使用IPT2平台新增、發佈資料集。

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