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- Juncus leschenaultii J. Gay ex Laharpe 錢蒲
- Juncus marginatus Rostk. 禾葉燈心草
- Juncus ohwianus M.T. Kao 大井氏燈心草
- Juncus tenuis Willd. 阿里山燈心草
- Juncus tobdeniorum Noltie 鴛鴦湖燈心草
- Juncus triflorus Ohwi 玉山燈心草
- Juncus wallichianus J. Gay ex Laharpe 小葉燈心草
- Junewangia globulosa (Tóth) W.A. Baker & Morgan-Jones 2002
- Jungermannia atrovirens Dumort.
- Jungermannia exsertifolia Steph.
- Junghuhnia aurantilaeta (Corner) Spirin 2007 紅黃容氏菌
- Junghuhnia nitida (Fr.) Ryvarden 光亮容氏菌
- Junghuhnia taiwaniana Yuan, Dai & Wu, 2012
- Junghuhnia tropica Yuan, Dai & Wu, 2012
- Juniperus chinensis fo. kaizuca 龍柏
- Juniperus chinensis L. var. taiwanensis R.P.Adams & C.F. Hsieh 清水圓柏
- Juniperus formosana var. formosana Hayata 刺柏
- Juniperus squamata Lamb. 玉山圓柏
- Junonia almana (Linnaeus, 1758) 擬蛺蝶
- Junonia atlites (Linnaeus, 1763) 蘆蛺蝶
- Junonia hedonia subsp. ida (Cramer, 1776) 岩崎擬蛺蝶
- Junonia iphita (Cramer, 1779) 黯眼蛺蝶
- Junonia lemonias subsp. aenaria (Fruhstorfer, 1912) 鱗紋眼蛺蝶
- Junonia orithya (Linnaeus, 1758) 青眼蛺蝶
- Justicia brandegeeana Wassh. & L.B. Sm. 小蝦花
- Justicia comata (L.) Lam. 穗花爵床
- Justicia gendarussa Burm. f. 尖尾鳳
- Justicia procumbens L. var. hayatae (Yamam.) Ohwi 早田氏爵床
- Justicia procumbens L. var. hirsuta Yamam. 密毛爵床
- Justicia procumbens L. var. linearifolia Yamam. 狹葉爵床
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