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Archive for the ‘GBIF’ Category

GBIF 新的測試網站

August 21st, 2009 No comments

GBIF的內容入口網站,至2001年推出後,其間有經過小細節的修改,但大架構還是採用以plone為架構的內容管理系統。現在推出新版入口網

GBIF秘書處希望大家能給予多一點關於新的入口網站的feedback。

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GBIF 推出資料整合發布工具之第一版使用者手冊

June 25th, 2009 No comments

資料整合發布工具(Integrated Publishing Toolkit, IPT)是由全球生物多樣性資訊機構(GBIF)秘書處所研發的開放性軟體平台,將促使GBIF系統的所有會員都能有效地在網路上發布其生物多樣性資料。IPT第一版已於2009年4月1日推出,目前已有幾位會員在使用它來發表生物多樣性資料。

IPT的英文版使用者手冊已發表在:http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/downloads/list,內容包括如何安裝、設定此軟體以及如何將生物多樣性資源與之連結。經由GBIF 社群的貢獻,此手冊及IPT軟體將不斷地被更新。如果您能在將此手冊翻譯為其他語言的工作上有所幫助,請與秘書處之Alberto González-Talaván(atalavan@gbif.org)聯絡。

轉譯自20096 GBits No. 11

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GBIF為EOL開發網路地圖之物種應用服務

June 6th, 2009 No comments

全球生物多樣性資訊機構(GBIF)和生命大百科(EOL)合作,開發出一套一般性、豐富且是Web-based的網路地圖應用軟體,以動態方式呈現物種出現密度。此軟體讓使用者有經由高階縮放功能取得物種分佈的特別體驗,並有機會看到資料出版者的其他貢獻以及連回GBIF的資料入口網;其網路作圖是採取開放原始碼的方式,提供大眾使用。聯絡人為GBIF秘書處的Tim Robertson (trobertson@gbif.org)

 

 

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GBIF的挑戰是什麼?

April 13th, 2009 No comments

在2001年成立的GBIF,是為了要從事一些特別工作,以使全球的政策制定者與決策者、科研人員和一般民眾都能夠以電子方式取得全世界的生物多樣性原始科學資料。

21世紀最大的挑戰,就是在人類的需求以及為了永續管理生物資源而必需採取的行動之間取得平衡;如果我們今天做的決定還是像過去做的決定一樣糟的話,我們的子子孫孫就會蒙受環境惡化的後果,如不純的空氣和水質、供應減少的糧食和突現的疾病等。

生物多樣性在經濟上提供給人類很重要的服務,而大家越來越擔心這些服務正在受到危害,因此越來越迫切需要有優質的科學資料和資訊以能做出管理決策。世界各地有一些政府機構、大學和非政府組織等在領導透過資訊以做的保育工作,而GBIF為了幫助這些機構工作順利,提供它們數位化存取使用生物多樣性原始科學資料。GBIF的工作方案(Work Programme)是與有相輔相成任務的各個組織共同合作發展,而其主要概念是要避免無謂的競爭及不必要的重複工作。

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GBIF之組織如何運作?

April 13th, 2009 No comments

GBIF是由一個理事會(Governing Board)在管理,而此理事會是由每個會員的代表所組成。GBIF希望能建立一個由全世界節點連結起來的系統,而要能成為一個GBIF節點,會員得保證他們會公開和免費分享生物多樣性資料;同時,資料之提供者也會得到對其資料享有控制權的保證。GBIF的工作大都由參與之節點及節點的資料提供者落實。

因為GBIF專注於重點領域,所以可以持續往其目標邁進:
•    資料擷取與資料庫整合(Data Access and Database Interoperability; DADI)- 主要目標為解決不同來源間異質資料的統合,包括建立共通資料交換標準與相關之後設資料(metadata)。
•    生物標本數位化(Digitisation of Natural History Collections; DIGIT)- 主要目標為各參與會員建立一套完善的線上資料(生物多樣性之原始標本與觀測資料)儲存機制。
•    物種電子名錄(Electronic Catalogue of Names of Known Organisms; ECAT) – 主要目標為提供一個完善的線上物種名錄,讓使用者方便在網路上以物種學名為主鍵(primary key)搜尋相關文獻。
•    推廣與能力建設(Outreach and Capacity Building; OCB)- 主要目標在提供相關軟體工具與訓練課程,作為連接全球生物多樣性資訊技術鴻溝的橋樑,並在各地區推動科學性與技術性合作,包括歸還原產國之生物資料與智慧財產權等。
為實現GBIF之目標而共同在努力的各參與節點、機構、個人與組織之間的互動,是由設在丹麥首都哥本哈根的一個小秘書處在進行協調,而此秘書處的工作人員同時也在發展資料提供者的系統,以及促進資料提供者、軟體開發者、資訊科學家和其他參與者對GBIF的參與。

各國對GBIF經費的支持是一項明智的投資,將使生物多樣性資料在當前和未來都可以既方便又容易存取,並對社會能夠達到永續未來這點作出貢獻。

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GBIF之願景為何?

April 13th, 2009 No comments

GBIF在未來5年內之願景是使生物多樣性科學資料成為所有人的共同財產;它的服務目的是為了科學、為了生物多樣性公約和其他國際性公約以及大眾福祉。GBIF將經由其會員和合作夥伴們,共同促進讓生物多樣性與經濟雙方都能受益的創新資訊技術及科學研究。

要能達到GBIF之願景,亦即使任何地方的任何人都可以免費、公開使用生物多樣性資料,則必須:

•    邀請大家參與一個全球性的倡議
•    推動科學原始資料的公開擷取使用
•    建置開放原碼的資訊架構

GBIF在資料方面所做的努力是在生物多樣性的物種層面上,這使得它很自然地成為分子層面和生態系統層面資料集之間的聯繫。因此,GBIF的資訊架構和其資料是主要國際計畫如生命大百科(the Encyclopedia of Life; EOL)和國際生命條碼聯盟(the Consortium for the Barcode of Life; CBOL)等不可或缺的基礎建設。它又是模組形式,可以連結並協助國際長期生態研究(the International Long-Term Ecological Research; ILTER)網路與全球性地球觀測系統(the Global Earth Observing System of Systems; GEOSS)以及基因序列資料庫(GenBank)與其他分子序列資料。

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GBIF的使用者是誰?

April 13th, 2009 No comments

乍看之下,GBIF似乎很奧秘,但它所提供的資料有多種應用。GBIF讓大家使用的資料不僅對科研人員有用,對自然資源管理者、一般愛好自然者、賞鳥人士、小學生等也都有用。在網際網路這方面專業的資訊管理人員如今可以研發搜尋引擎和網路介面,讓各種使用者社群能夠以嶄新、有趣的方式取得這些資訊。這些使用者可能包括:
•    一群正在研究螳螂的小學生,想要了解螳螂的食物和天敵。
•    一個研究機器人的人員,想要從大自然得到靈感以解決某個機械問題。
•    一個遺傳資源儲存處的管理員,需要知道收藏品中某一個生物的組織樣品是否有代表此物種之完整性。
•    一個想要在自己後院種植當地原生植種的園丁。
•    一個在健康部工作的公務員,想要知道自己國家有哪些昆蟲可能會成為一種新疾病的媒介。
•    一個正在研究一種來自熱帶非洲植物的研究生,需要知道此植種的所有學名及俗名,以對其生理方面和是否能夠栽培方面寫論文。
•    一個保育科學家,需要了解某一個瀕危物種之棲地需求和與此物種會同時出現的其他物種。
•    一個分子遺傳學研究員,正在一群高經濟性牧草種類中尋找一個基因;此基因必須和他在合果芋(goosefoot)中找到的基因一樣有耐旱、耐熱、耐鹽分之功能。
•    一個分類學博士生,正開始一項艱鉅任務,即是對包含至少1000個種、大部分是熱帶甲蟲的一個屬寫其專題論文。
•    一個藥廠的化學家,在一個真菌物種中找到了一個大有可為的製藥化合物;需要知道是否有產生類似化合物或是相同化合物但量較大的相關物種。
•    一個農夫,想要知道自己的農田裡是否有一種基因改造作物之野生種。
•    一個政府機構,必須仔細研究許多大型資料集(dataset),以便制訂一個能在最小的面積保護最多物種的生物多樣性保留區,同時區內還要能提供生態旅遊和永續性開採野生產品的機會。
•    一個自然資源管理者,需要防患入侵種的蔓延或減少入侵種的破壞。
•    一個分類學者,需要鑑定新採集的一個物種標本,決定其是否為新種。
•    一個生態旅客,想要知道去某個國家會看到什麼樣的生物。
GBIF資料的使用和實利,其例子不勝枚舉、價值無限。由於同樣的資料來源,可以被為了不同使用者而開發的各種介面存取,所以GBIF專注於提供生物多樣性原始資料的努力已經在各方面做出貢獻,且其影響將深遠長久。

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為什麼需要GBIF?

April 13th, 2009 No comments

好的自然資源管理者和决策者都知道,要能做出最佳的决定,就需要有最正確的科學分析結果;而要有最正確的分析,就需要有來自對大自然直接觀察的、既完整又可建檔的資料。此種紀錄被稱為原始資料(primary data)。

生物多樣性(Biodiversity)是包括地球上所有物種、物種遺傳多樣性及物種所在生態系統的一個統稱,即是自然資源中的活資源(living resources)部分。生物多樣性原始資料有一大部分是收藏於各自然歷史館中為數15 – 20億的標本,還有許多由各種方式記錄、以各種媒體儲存的地理與生態觀測資料。

在做生物資源的政策和管理決定時,決策者往往被迫採用非根據原始資料的分析結果,這是因為目前要擷取使用世界各地儲存的生物多樣性原始資料還是很不方便。

未來的每一代人都要靠我們這一代人所作的努力,他們才能夠開發永續使用生物多樣性的方法。解決方法中很重要的一點,就是必須利用數位化技術來迅速、公開和免費提供生物多樣性原始資料給全球社群的每一個人,另一點很重要的則是確保在今天收集的原始資料全是被後代都能擷取的方式儲存。

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GBIF是什麼?

April 13th, 2009 No comments

個全球性資料提供者系統,它致力於合作夥伴關係之建立與世界性活動之統合以建置生物多樣性資訊之基礎建設,並推動網際網路上生物多樣性資訊內容之增長。

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挑選資料Provider Package

April 13th, 2009 No comments

三種能在GBIF系統內運用之資料providers及其適用之情況:

1. DiGIR
此package是由全世界生物多樣性資訊學社群所研發。它支援DiGIR protocol及Darwin Core schema(存取概要),其程式語言為PHP,可連結至大部分的資料庫引擎如MySQL、 PostgreSQL、Microsoft SQL Server、 Microsoft Access和Oracle等。 如果您已建立好資料庫並有管理此資料庫的能力,可考慮使用此package;大部分GBIF的資料提供者採用它。

2. BioCASE
此package是由BioCASE計畫所研發,可從http://www.biocase.org/provider/下載。因為它對歐洲的GBIF節點們非常支持,所以很適合這些節點們採用。如果您覺得基本的Darwin Core schema限制太多;BioCASE支援有豐富元素的ABCD,您可考慮使用它。

3. TAPIR
TAPIR明確規定了一個標準化、可由HTTP傳遞、以XML為基礎之需求與回應protocol,用來存取儲存於各種結構相異、分散式資料庫中的資料。它結合並延伸了BioCASE及DiGIR之功能,在資料提供者與使用者之間建立一個新的和更通用的網際網路通訊管道。TAPIR工作小組將透過reference implementations之研發以確保此protocol的適用性和有效性。

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