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Archive for the ‘生物多樣性資訊學’ Category

解決javascript被flash覆蓋的方法

December 22nd, 2009 No comments

現在的網站常使用javascipt製作目錄式選單,另外一方面因為youtube影音平台的快速興起,非常容易在網站上嵌入一段影片。

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只要貼上這段HTML語法到網頁上即可。
但如果你的網頁上有使用Javascript的語法,就會出現選單被這段影片所覆蓋,解決的方法參考http://kb2.adobe.com/cps/142/tn_14201.html,只要修改兩個地方
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TDWG 介紹

December 1st, 2009 No comments

分類學資料庫工作小組(Taxonomic Databases Working Group, TDWG)於1985年正式成立時,主要是解決世界上主要的植物標本館之間標本資訊整合為首要目標,至1994年時,IUBS(International Union of Biological Sciences)決定其拓至其它生物領域,發展至今目前TDWG的成員已包含世界各國動物學、地質學、微生物學等典藏研究機構,2008年起並將組織名稱加上生物多樣性資訊標準(Biodiversity Information Standards),希望可以透過TDWG協助制定與解決更多資料交換與整合的問題。而在目前全球生物多樣性資訊整合的分工架構中,TDWG扮演著技術研發及資料標準與推廣的角色,就今日世界上主要的生物多樣性資訊服務提供者如各標本館、博物館、全球生物多樣性資訊機構、生命大百科等,其資料庫系統與資訊架構均與TDWG關係密切。而台灣數位典藏計畫中生物主題小組所採用Darwin core,也是該組織所推動制定,另外TDWG資訊擷取存取協定(TAPIR) 是近年TDWG積極推廣,並獲得全球生物多樣性資訊機構(GBIF)、世界各博物館、甚至台灣數位典藏計畫所採用。
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Categories: 生物多樣性資訊學 Tags:

e-生物圈 09 年規劃工作坊―決議

September 23rd, 2009 No comments

6月1-3日在倫敦舉辦的 e 生物圈會議之後,為了規劃生物多樣性資訊未來5-10年的整體發展計畫而舉辦了一個工作坊。參加成員共有 36 位,分別代表資助會議的機構、在生物多樣性資訊領域扮演領導角色的研究單位,以及 e 生物圈指導委員會的委員們。

出席工作坊的人員贊同以下面的決議,作為 e 生物圈會議的總結聲明,並作為未來朝向更廣泛的、以社群為基礎的後續行動的第一步。 Read more…

生物多樣性資料與Web 3.0之漫談

September 23rd, 2009 No comments

1990年代Tim Burners Lee提出了client-server的架構的WEB,並透過tcp/ip的通訊協定讓網路上的資訊可以流通,這也開起全球網路化的契機。「世界是平的」一書並認為網路的興起是讓世界更接近「平的」。Tim Burners Lee所題提出網路資訊架構中,所有資訊的提供者與表達都是經由server主動提供,而使用者大多只能被動接受。 Read more…

2009 e-Biosphere 國際研討會

April 21st, 2009 No comments

在EOL與GBIF等國際主要資料庫所推動生物多樣性資訊學(Biodiversity Informatics)已逐漸發展出具體雛形,因此於英國倫敦自然歷史博物館,於2009年6月1至3日舉辦生物多樣性資訊學之國際研討會(www.e-biosphere09.org)。

三天的會議中將展示資訊的連結、取用技術、資料分析平台等技術面的觀摩示範,提供參加成員之討論及合作機會,同時會議已建立下列主題之討論社群:
• A current landscape and future roadmap for Biodiversity Informatics
• Standards development and management
• Global Names Architecture
• Cybertaxonomy
• Basic biodiversity science research
• Training in biodiversity informatics
• Developing world
• Sustainable economic development
• Ecology and ecosystems, environmental sustainability, climate change
• Conservation and land use
• Agriculture
• Forestry
• Fisheries
• Public Health
• Uses in public, K-12 and higher education
• Citizen science

什麼是生物多樣性資訊學(Biodiversity Informatics)

April 21st, 2009 No comments

生物多樣性資訊學是協助處理生物多樣性資訊,其涵蓋的範疇相當廣泛,從基因、物種到生態系。不但資料之屬性、格式與形式多樣化,且使用之語言不同,時間與空間尺度亦不一。再加上缺失資料及智財權之問題複雜,故其資料之整合相當困難且具挑戰性,相較於以基因序列為主的生物資訊(Bioinformatics)複雜甚多。

生物多樣性資訊學第一次被提出大約1992年 ,主要結合GIS、GPS、資料庫管理、環境管理、博物館分類系統。後續亦有學者提出為利用運用資訊工具與資訊技術於生物多樣性,特別是在生物體方面層級;或將物種的原始資料透過資訊技術協助完成資料管理、分析、運算;或將生物個體和群聚的分類資料、生態及基因資料,透過任何形式資訊分享。生物多樣性資訊學其精神為運用資訊工具與資訊技術協助物種的原始資料,達成資料管理、分析、運算,最後再透過網路或其他媒介完成資訊分享。

IPT 1.0rc1 公布

April 4th, 2009 No comments

經過三個月的密集測試,GBIF 在 4 月 1 日正式發表 IPT 1.0 版,雖然如此,開發團隊給的版本編號仍是 rc1。經試用的結果,yikes 的情況已經少很多,目前比較大的問題是 geoserver 點資料呈現在網頁載入完一段時間後(78筆資料約需 1 分鐘)才會顯示,且常常在 zoom in 之後就不會再顯示(或太久?)。

以這樣的開發速度,我們希望很快就可以在公開場合展示,並且可以開始推廣、部署。

IPT 1.0b7 短評

March 23rd, 2009 No comments

對於 IPT 在年初正式釋出 1.0 版我們其實相當興奮,月來測試的 IPT 同時,也向 GBIF 的團隊送出 issue tickets 及 bug reports,目前地理資料在 ipt 及 geoserver 之間的同步似乎有點問題,使得 resource metadata 的 geographic coverage 無法顯示並造成 explore 頁面 yikes,而我使用 ipt.war 隨附的 pontaurus.txt 來重建一份相同的 resource ,安裝多次,並非每次都有一樣的結果,日前寫了一封長信給 Tim(GBIF Team 成員,在 TDWG 認識),等待更新的版本中。 可以預見 IPT 未來將是一個方便快速的工具,讓人看到資料倉儲的分布及簡單統計成果。其中,它的 EML 及 TAPIR 目前似乎都只有 resource metadata 以 web services 的型式送出,原始資料則另以 zip package 下載。資料驗證的部分,能以 Darwin Core 形式整理的資料,IPT 會根據 Darwin Core 的定義加以驗證,其它像是生態環境因子,因為沒看到它有提供條件設定的項目,所以應該無從驗證起。